文献类型：期刊文献

中文题名：日本血吸虫腺嘌呤磷酸核糖转移酶的生物信息学鉴定与分析

英文题名：Bioinformatic identification and analysis of Schistosoma japonicum adenine phosphoribosyltransferase

作者：杨忠[1];胡薇[2];苏谨[3];马骊[3];李亦学[4];冯正[2];魏东芝[1]

机构：[1]华东理工大学生物反应器国家重点实验室鲁华生物技术研究所,上海200237;[2]中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所,上海200025;[3]南方医科大学分子免疫学研究所,广东广州510515;[4]上海生物信息技术研究中心,上海200235

年份：2007

卷号：27

期号：3

起止页码：272

中文期刊名：南方医科大学学报

外文期刊名：Journal of Southern Medical University

收录：MEDLINE(收录号：17425969);CSTPCD;;Scopus;北大核心:【北大核心2004】；CSCD:【CSCD2011_2012】；PubMed;

基金：国家自然科学基金(30570429)~~

语种：中文

中文关键词：日本血吸虫;腺嘌呤磷酸核糖转移酶;生物信息学

外文关键词：Schistosomajaponicum; adenine phosphoribosyltransferases, bioinformatics

摘要：目的鉴定日本血吸虫中存在的腺嘌呤磷酸核糖转移酶,分析其蛋白结构特征。方法采用双向同源比对、结构域搜索和系统发育分析等生物信息学手段,在已有转录组和蛋白质组数据基础上鉴定日本血吸虫的腺嘌呤磷酸核糖转移酶,并采用同源建模方法获得日本血吸虫腺嘌呤磷酸核糖转移酶的结构特征。结果获得了2条腺嘌呤磷酸核糖转移酶的同源蛋白序列;分析了这2条序列的EST丰度、理化性质及蛋白三维结构等信息。结论日本血吸虫至少存在2个腺嘌呤磷酸核糖转移酶的异构体。
Objective To identify adenine phosphoribosyltransferases in Schistosoma japonicum and analyze their structural features. Methods Based on the accessible transcriptome and proteomic data, the S.japonicum adenine phosphoribosyl transferases were identified using bioinformatics approaches including bi-directional homology comparison, domain search and phylogenetic analysis. Homology modeling was also performed to describe the structural features of the proteins. Results and Condusion Two homologue sequences of adenine phosphoribosyltrensferase were obtained from S. japonicum, and the EST abundance, physico-chemical properties and three-dimensional structures of them were also acquired.