华东理工大学发酵工程实验教学中心依托于生物工程学院，学院由1954年国内最早的抗生素制造工学专业发展起来的。1991年被批准授予全国第一个生物化工博士点，同年被批准筹建生物反应器工程国家重点实验室，1996年成立国家生化工程技术研究中心(上海)，2000年被批准为生物工程上海市重点学科，2001年被批准为生物化工国家重点学科；2003年被批准为发酵工程博士学位授权点，2007年发酵工程被批准为上海市重点学科；2008年被批准为生物工程国家特色专业。2009年批准上海市发酵工程示范实验教学中心。

  我学院的发酵工程学科在国内名列前三，上海第一。是国内唯一同时依托国家重点实验室和国家工程中心的发酵工程学科。主要基于生物技术工程化中的科学问题研究，着重解决包括微生物、动植物细胞、酶催化等在内的关键技术问题，逐渐形成了微生物工程、细胞培养工程、生物催化与酶工程三个研究方向。

  发酵工程示范实验教学中心的发展起源于我校1954年成立的抗生素工学专业的最早的抗生素实验室，当时的主要方向是抗生素的发酵与提炼，所开设的实验内容及实验设备与早期的《抗生素》、《抗生素生产工艺学》相配合。期间著名科学家代表有马誉徵、俞俊棠教授。

  目前，形成了三系（生物化工、应用生物学、食品工程）五专业（生物科学、生物技术、生物化工、食品科学、食品质量安全）的教学体系。2000年合并基础教学实验室，成立生物技术基础实验中心，将分子生物学实验、微生物实验、生物化学实验、生物学实验归并到生物技术基础实验中心。2005年，学院为了发挥发酵工程学科优势，将所有专业教学实验室与生物技术基础实验中心合并，成立校、院两级管理的发酵工程实验教学中心，集实验教学和实验室管理一体，强化发酵工程的生物学和工程学基础训练，体现基本实验技能的系统训练与科学研究能力培养相结合，努力实现实验中心向多学科的开放。中心于2009年获得“上海市发酵工程示范实验教学中心”。