上海阿华生物工程研究所是由山东东阿阿胶股份有限公司与华东理工大学联合共建的以生物技术产业化为主攻方向、直接面向企业的研究机构，创建于1999年9月。山东东阿阿胶股份有限公司出资130万元学校出地300 m2建造专用实验楼，企业出资300万元配置了先进的科学仪器，每年提供不低于50万元的科研经费，并且从2019年开始每年提供100万元科研经费。该所以华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室的技术力量为基础，通过优化组合建设了一支具有“协作、求实、进取、创新”精神的科研队伍，创建了一流的科研环境，在“发展高技术，实现产业化”的道路上奋进。上海阿华生物工程研究所建所以来，共协助山东东阿阿胶股份有限公司及其控股的昂德生物药业有限公司获得3个生物药新药证书，储备多个新产品，获得3个山东省科技进步一等奖。目前，基因工程蛋白药物“佳林豪” (重组人促红素)年产制剂300万支、“瑞通立” (重组人组织型纤溶酶原激酶衍生物)年产制剂12万支，“百杰依” (重组人白介素-11(I))年产制剂60万支，取得了显著的经济效益和社会效益。长效胰岛素、长效EPO等一批新药正在进行临床和临床前研究。 主要的研究方面：1. 海洋生物技术。研究海洋病原微生物的特性，掌握其致病规律，在分子水平上阐明细胞通讯相关的条件致病现象，研究病原细菌和宿主之间的互作机制，确定致病相关功能基因，从基因水平上进行改造，开发减毒活疫苗和多价疫苗。目前承担着国家重点研发计划项目、国家自然科学基金重点和面上项目、现代农业产业技术体系岗位科学家项目和海洋经济创新发展示范项目。2. 微生物工程。研究甲醇酵母基因诱导水平的精密控制网络，构建新的蛋白表达体系。解析生物合成代谢途径和相关基因（簇），在毕赤酵母中重构代谢网络，高效异源生物合成小分子活性化合物。在海洋微生物培养中，阐明丝状菌次级代谢调控的规律，调控菌丝形态，高效合成活性化合物。目前承担着国家自然科学基金项目、国家重点研发计划项目和上海市科技专项项目。3. 动物细胞培养。研究动物细胞表达外源基因的高效体系，构建适合于大规模无血清培养的重组细胞株，开发新一代动物细胞表达的重组蛋白药物，建立动物细胞培养生产蛋白药物的优化工艺。目前承担着企业委托项目。